La División Hospitalaria fue fundada en 1992 y comercializa medicamentos con hospitales, clínicas y órganos de salud. Actualmente, cuenta con 27 productos y 40 presentaciones.

Uno de los grandes destaques es el Sigmasporin® (Ciclosporina Microemulsión).

Lanzado en 1999, este medicamento de alta complejidad, es utilizado en el combate al rechazo de órganos transplantados, y destaca a EMS como un ejemplo de calidad en el segmento, por ser el único fabricante de este producto en el Hemisferio Sur.

La Cicloposrina Microemulsión ya es exportada para países de la Unión Europea, Mercosur, Asia y Medio Oriente.

Otro destaque de la división es la distribución con exclusividad para el mercado brasileño del medicamento Agrylin®, cuyo principio activo es el Clorhidrato de Anagrelida, indicado para la reducción de plaquetas, en las enfermedades mieloproliferativas.